为充分发挥洋山深水港区的综合规模效益，进一步加快上海国际航运中心的建设步伐，在洋山深水港一期港区顺利投产的基础上，根据国家有关批复精神和上海市委、市府有关“二期工程于2006年底前建成投产”的要求，市深水港工程建设指挥部、上海同盛投资（集团）有限公司抓紧组织建设二期工程。经过广大建设者两年多的艰苦努力、通力协作，二期工程已于2006年10月底全面建成较计划提前一个月交付生产准备，为二期工程将于12月10日投入试生产奠定了基础。

    洋山深水港区二期工程位于小洋山岛南侧的水域，建设4个集装箱专用泊位，码头岸线 1400米，陆域总面积约88.83万平方米，16台载荷60吨的桥吊（其中双40英尺桥吊13台）设计集装箱年吞吐量210万TEU。

   洋山1号2号码头将合并运作，形成码头岸线全长3000米，配备9个集装箱深水泊位，设计年吞吐量达到430万TEU。