根据《中共上海市委、上海市人民政府關于上海港口管理体制改革有關問題的批复》（滬委發[2003]8號），設置上海市港口管理局。上海市港口管理局是市政府主管港口和航運管理工作的職能部門，同時挂上海國際航運中心上海地區領導小組辦公室的牌子。

一、主要職責

　 （一）貫徹執行有關港口、航運工作的法律、法規、規章和方針、政策；結合本市實際，研究起草港口和航運工作的地方性法規、規章草案和政策，制定港章，并組織實施有關法規、規章和政策。

　 （二）根据國家和地方對港口發展的戰略要求和本市城市總体規划，編制上海港口（含洋山新港區）的總体規划；依据有關法律、法規和規章的規定，對港口的岸線、陸域、水域實施行政管理。

　 （三）負責屬于地方政府管理權限的國際海上運輸、沿海運輸和長江運輸的行業管理工作；負責沿海、國際航線的備案受理工作；組織、指導并監督港口水運行業的行政執法管理工作。

　 （四）負責上海港口和水運的行業管理工作；對上海港口的水陸運輸的經營秩序、安全生產，以及所轄通航水域的衛生防疫、環境保護等實施監督和管理；對上海口岸內屬于地方政府管理權限的海事、航道等依法實施管理；組織處置轄區內重大突發事件、重大災害事故和重大服務供應事故。

　 （五）負責上海港口公用基礎設施、內河航道的規划和管理工作；按照國家規定的基本建設程序、權限，負責內河航道建設立項和管理工作；負責協調推進港口和水運的科學技術工作。

　 （六）負責對上海港口和內河航道建設市場秩序進行監管，對港口和內河航道建設項目的工程質量、安全實施監督。

　 （七）負責協調國家重點物資和緊急、特种物資以及軍事、搶險救災物資的水路運輸；負責划定和審核上海港口危險貨物作業泊位、庫場的區域，并實施監督。

　 （八）負責征繳、代征國家和上海市規定的涉及港口和航運的有關規費及其他費收；會同有關部門對上海港口和水路運輸企業經營性收費項目和价格，實施監督和管理。

　 （九）負責國內外船舶進出上海港引航的有關管理和監督工作；負責上海港与國內外港口的合作、技術交流及重大涉外活動等工作；

　 （十）負責港口和水運從業人員的技術、業務培訓、考核和發證的管理工作；負責上海港口和水運的信息匯總、統計和管理工作。

　 （十一）負責有關行政复議受理和行政訴訟應訴工作。

　 （十二）承辦市政府交辦的其他事項。

二、內設机构

　 根据以上主要職責，上海市港口管理局設九個職能處（室），即：

　 （一）辦公室

　 （二）人事處（組織處）

　 （三）計划財務統計室

　 （四）資源規划研究室

　 （五）法律法規研究室

　 （六）科技和外事處

　 （七）港務監管處

　 （八）航務監管處

　 （九）安全監督處

　 按有關規定，設置紀檢机构和机關党委。


三、人員編制和領導職數

上海市港口管理局机關行政編制為90名。其中，正副處級領導職數27名。